No, son dos procesos distintos.
El check-in es la confirmacion de viaje que te permite obtener anticipadamente tu ticket de embaruqe y no queda realizado al momento de seleccionar tu asiento.
Podés realizar tu check-in a partir de las 48 horas previas a la salida del vuelo y hasta 4hs sin costo! hayas o no hayas seleccionado tu asiento con anticipación. De lo contrario lo deberás hacer en el aeropuerto pagando un costo adicional.
Al completar el proceso de check-in, recibirás en tu mail la tarjeta de embarque (boarding pass) con la cual debes presentarte al embarque.
Más información sobre el check in ACÁ